mir-1 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-1 Cluster besteht uas 2 Familien mir-1 und mir-133. Man findet das Cluster in allen Metazoa. In den Protostomia, den Echinodermata und den Urochordata findet man eine Kopie. Später kam es zu Duplikationen, sodass man in den Teleostei in bis zu 5 Kopien findet und ind Arthropoda bis zu 4 Kopien. Aufgrund von Problemen mit den Genomversionen des Canis familaris ist nicht genau bestimmbar wieviele Kopien der Canis familaris hat. Wahrscheinlich ist, dass er 3 Kopien wie der Homo sapiens hat. Besonders an der mir-1 ist, dass die Mature eine palindromische Sequenz hat. So findet man die mir-1 oft auf beiden Strängen im Genom an der selben Position. In der Mus musculus ist eine mir-1 Sequenz auf den antisense, die mmu-mir-1-2-as, annotiert. Jedoch wurde sie experimentell nur in sehr viel geringerer Konzentration gefunden als die mmu-mir-1-2. Diese liegt an der selben genomischen Position jedoch auf dem andere Strang. Aus diesem Grund vermuten wir das es sich bei der experimentell gefunden mmu-mir-1-2-as um ein Abbauprodukt des Hairpin handelt. Deshalb und weil in keinem anderen Organismus eine mir-1 auf den antisense Strang annotiert war, wurde sie im Alginment nicht betrachtet.
Die Alignments und Sequenzdatei sowie Genompositionen und Bäume sind hier verfügbar:

Fasta von mir-1 | Alignment von mir-1 | Baum von mir-1

Fasta von mir-133 der Deuterostomia | Alignment von mir-133 der Deuterostomia | Baum von mir-133 der Deuterostomia

Fasta von mir-133 der Protostomia | Alignment von mir-133 der Protostomia | Baum von mir-133 der Protostomia

Genompositionen | Namensmapping zur MiRBase

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-1 Clusters
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Zu Beginn gab es einen Cluster der aus der mir-1a und der mir-133a bestand. In den Protostomia blieb dieser Cluster auch so erhalten. Die Nematode verloren aber die mir-133a. Ebenso verloren B. mori, A. gambiae, H. robusta und A. california die mir-133a. A. california duplizierte das Cluster noch einmal. Auch in den Echinodermata und Urochordata ist das urspüngliche Cluster noch zu finden. Danach fanden 2 Duplikationen die zu 4 Kopien des Clusters finden. P . marinus verlor alle der Kopien bis auf mir-133a-Ib und mir-133b-IIB. In den Teleostei wurden die mir-1a-IA und die mir-133a-IA nochmals dupliziert. D. rerio verlor den soeben duplizierten Cluster wieder. Die anderen Teleostei wurde die mir-1b-IIB und die mir-133b-IIB. Während O. latipes die mir-1a-IA verlor, verloren die anderen die zweite Kopie der mir-133a-IA. T. rubripes verlor zusätzlich noch die mir-1a-IB. X. tropicalis und G. gallus verloren keine der Kopien die bei den Genomduplikationen in den Vertebraten entstanden sind. In den Mammalia ging die mir-1b-IIB und die mir-133b-IIB verloren. Zusätzlich verloren P. troglodytes und R. norvegicus die mir-1b-IIA und die mir-133b-IIA. B. taurus verlor die mir-133a-IB.

Abbildung: Konservierung des mir-1 Clusters in Homo sapiens
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