mir-181 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-181 Cluster besteht aus nur einer Familie. Man findet ihn in mindestens je 4 Kopien in den Teleostemi. In den Teleostei kam es zunächst zu einer Duplikation und danach zu Verlusten in den verschiedenen Arten. Auch in den Mammalia kam es zu einer Duplikation.

Das Alignment und die Sequenzdatei sowie Genompositionen und der Baum sind hier verfügbar:

Fasta von mir-181 | Alignment von mir-181 | Baum von mir-181

Genompositionen | Namensmapping zur MiRBase

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-181 Clusters
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Am Anfang gab es wahrscheinlich eine einzelne mir-181. Durch Genom-Duplikation entstand daraus ein Cluster bestehend aus mir-181a und mir-181b. Bei einer zweiten Genomduplikation entstand duplizierte sich der komplette Cluster auf ein anderes Chromosom. Nach diesen beiden Duplikationen, welche noch vor der Abspaltung der Teleostei erfolgten, gab es mir-181a-1 und mir-181b-1 auf einem Chromosom und auf einen anderen mir-181a-2 und mir181b-2. Welches von den beiden die ursprüngliche war, ist aus dem Alignment nicht ersichtlich. In den Teleostei trat eine dritte Genomduplikation auf, bei der sich das komplette Cluster nocheinaml duplizierte. D. rerio duplizierte zusätzlich nocheinmal die mir-181a-1 Typ II und die mir-181b-1 Type II, verlor aber später die duplizierte mir-181b-1 Type II. O. latipes verlor 5 der 8 miRNAs: mir-181b-1 Typ I und Typ II, mir-181a-2 Typ I und Typ II und die mir-181b-2 Type II. G.aculaeatus verlor nix und duplizierte auch nix. T. rubripes und T. nigroviridis verloren mir-181a-1 Typ II und mir-181b-2 Typ II. X. tropicalis und G. gallus behielten die vor den Teleostei vorhanden 4 miRNAs in diesem Cluster. In den Mammalia kam es zu einer Duplikation der mir-181a-1 und mir-181b-1 zu mir-181c und mir-181d.

Abbildung: Konservierung des mir-181 Clusters in H. sapiens
Download mir-181a-1 und mir-181b-1 als eps
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Download mir-181c und mir-181d als eps

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