mir-96 Cluster

Übersicht über das Cluster

Das mir-96 Cluster besteht aus den 3 Familien mir-96, mir-182 und mir-183, welche scheinbar nicht verwandt sind. Das Cluster wurde nur in Deuterostomia identifiziert, wobei es in Echinodermaten nicht gefunden wurde. In Urchordaten wurde nur mir-183 entdeckt, in Branchiostoma floridae zusätzlich dazu noch die mir-96. Die dritte Familie, mir-182, konnte zuerst in Callorhinchus mili identifiziert werden. Alle weiteren untersuchten Vertebratengenome bis auf Petromyzon marinus sowie die Sauropsida enthielten das komplette mir-96 Cluster. Dabei konnte im Genom von Gallus gallus sowohl die mir-96 als auch die mir-182, in Anolis carolinensis die mir-96 und in Taeniopygia guttata die mir-182 nicht lokalisiert werden. Schlussfolgerung sind durch die sehr frühen Genomversionen daraus zunächst nicht zu treffen, wobei ein teilweiser oder kompletter Verlust der MicroRNAs mir-182 und mir-196 durchaus möglich wäre.
Die Datei mit Sequenzen mit genomischen Positionen sowie die evolutionären Bäume der einzelnen Familien sind hier verfügbar:

Fasta von mir-96 | Baum von mir-96

Fasta von mir-182 | Baum von mir-182

Fasta von mir-183 | Baum von mir-183

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Übersicht über die vermutliche evolutionäre Entwicklung des mir-96 Clusters
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Bei der evolutionären Geschichte sind zwei Varianten möglich. Zum einen könnten das komplette Cluster schon bei der Abzweigung der Urchordaten vorhanden gewesen sein und nur bei Ciona intestinalis bis auf eine Familie verloren gegangen sein. Außerdem hätte dann auch Branchiostoma floridae eine Familie während der eigenständigen evolutionären Entwicklung verloren. Zum anderen könnte es sich bei den Familien mir-96 sowie mir-182 um de novo Innovationen handeln, die vor der Abzweigung der Knorpelfische entstanden sind. Jedoch lässt sich aufgrund von fehlenden Informationen nicht genau sagen, zu welchem Zeitpunkt die Familien entstanden sind, da zu wenig genomische Daten von basalen Chordaten vorhanden sind. Die aktuellen Daten würden dafür sprechen, dass die erste de novo Innovation vor den Urchordaten, die zweite vor den Cephalochordaten und die dritte vor den Vertebraten stattgefunden hat. Mit mehr genomischen Daten könnten diese Zeitpunkte in Zukunft noch präzisiert werden. Als gesichert hingegen angenommen werden, dass die Vertebraten das komplette Cluster besitzen und sich dieses Cluster bei der Teleost eigenen Genomduplikation dupliziert hat. Allerdings ist in Danio rerio diese Clusterkopie im Laufe seiner individuellen Entwicklung verloren gegangen.