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Target T0268

Die Ergebnisse der verschiedenen Online- Datenbanken und Tools sahen wie folgt aus:
Für die Sequenz T0268 wurden durch SAM-T02 die Templates 1n2x und 1m6y ermittelt. Auf dieser Grundlage haben wir unsere weiteren Schritte durchgeführt.

Template 1n2x (PDB Descriptor) mit Chain A und Chain B: 

>1N2X:A S-ADENOSYL-METHYLTRANSFERASE MRAW
GHXRKYSQRHIPVXVREVIEFLKPEDEKIILDCTVGEGGHSRAILEHCPGCRIIGIDVDS
EVLRIAEEKLKEFSDRVSLFKVSYREADFLLKTLGIEKVDGILXDLGVSTYQLKGENRGF
TFEREEPLDXRXDLESEVTAQKVLNELPEEELARIIFEYGEEKRFARRIARKIVENRPLN
TTLDLVKAVREALPSYEIRRRKRHFATKTFQAIRIYVNRELENLKEFLKKAEDLLNPGGR
IVVISFHSLEDRIVKETFRNSKKLRILTEKPVRPSEEEIRENPRARSGRLRAAERIEEGG
D
>1N2X:B S-ADENOSYL-METHYLTRANSFERASE MRAW
GHXRKYSQRHIPVXVREVIEFLKPEDEKIILDCTVGEGGHSRAILEHCPGCRIIGIDVDS
EVLRIAEEKLKEFSDRVSLFKVSYREADFLLKTLGIEKVDGILXDLGVSTYQLKGENRGF
TFEREEPLDXRXDLESEVTAQKVLNELPEEELARIIFEYGEEKRFARRIARKIVENRPLN
TTLDLVKAVREALPSYEIRRRKRHFATKTFQAIRIYVNRELENLKEFLKKAEDLLNPGGR
IVVISFHSLEDRIVKETFRNSKKLRILTEKPVRPSEEEIRENPRARSGRLRAAERIEEGG
D

Template 1m6y (PDB Descriptor) mit Chain A und Chain B: 

>1M6Y:A S-ADENOSYL-METHYLTRANSFERASE MRAW
GHXRKYSQRHIPVXVREVIEFLKPEDEKIILDCTVGEGGHSRAILEHCPGCRIIGIDVDS
EVLRIAEEKLKEFSDRVSLFKVSYREADFLLKTLGIEKVDGILXDLGVSTYQLKGENRGF
TFEREEPLDXRXDLESEVTAQKVLNELPEEELARIIFEYGEEKRFARRIARKIVENRPLN
TTLDLVKAVREALPSYEIRRRKRHFATKTFQAIRIYVNRELENLKEFLKKAEDLLNPGGR
IVVISFHSLEDRIVKETFRNSKKLRILTEKPVRPSEEEIRENPRARSGRLRAAERIEEGG
D
>1M6Y:B S-ADENOSYL-METHYLTRANSFERASE MRAW
GHXRKYSQRHIPVXVREVIEFLKPEDEKIILDCTVGEGGHSRAILEHCPGCRIIGIDVDS
EVLRIAEEKLKEFSDRVSLFKVSYREADFLLKTLGIEKVDGILXDLGVSTYQLKGENRGF
TFEREEPLDXRXDLESEVTAQKVLNELPEEELARIIFEYGEEKRFARRIARKIVENRPLN
TTLDLVKAVREALPSYEIRRRKRHFATKTFQAIRIYVNRELENLKEFLKKAEDLLNPGGR
IVVISFHSLEDRIVKETFRNSKKLRILTEKPVRPSEEEIRENPRARSGRLRAAERIEEGG
D

Die beiden Templates sind bis auf einen Unterschied in der Kettenbindung, bei 1n2x mse sam so4, bei 1m6y mse sah so4, identisch (mse = Selenomthionin, sam = S-Adenosylmethionin, sah = S-Adenosyl-L-Homocytein, so4 = Schwefelsulfat-Ion). Diese Kettenbindungen werden als HET-Gruppen bezeichnet, und haben uns einiges Kopfzerbrechen bereitet.

Danach haben wir von der PDB Datenbank die Template pdb-Files heruntergeladen und mittels FUGUE pir-Files erzeugt (dabei wurde ein Strukturalignment zwischen Target und Template erzeugt).

Mit Hilfe des MODELLERs wurde ein 3D-Modell des Targets zum jeweiligen Template erzeugt.

Ausgaben des MODELLERs:

Protein 1n2x allein:

\includegraphics[scale=0.325]{ps/1n2x_position.ps}
Target T0268 auf 1n2x gelegt:
\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0268_vs_1n2x_profit_position_out.ps}
Target T0268 allein anhand 1n2x:
\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0268_on_1n2x_modeller_index.ps}

Protein 1m6y allein :

\includegraphics[scale=0.325]{ps/1m6y_position.ps}
Target T0268 auf 1n2x gelegt:
\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0268_vs_1m6y_profit_position_out.ps}
Target T0268 allein anhand 1n2x:
\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0268_on_1m6y_modeller_index.ps}

Um unsere erhaltenen Modelle zu bewerten haben wir Modelltests mittels ProFit und ProsaII durchgeführt.

Prosa berechnet für eine gegebene Protein Struktur einen Energy Graphen, die blaue Linie entspricht dem Template, die grüne dem Target. Je geringer der Energy Wert ist, desto stabiler ist die Struktur an dieser Stelle. Man erkennt daran in welchem Abschnitt das Modell stabil ist und wo nicht.

1n2x:

\includegraphics[scale=0.325]{ps/1n2x_prosa.ps}

1m6y:
\includegraphics[scale=0.325]{ps/1m6y_prosa.ps}
Zu sehen ist, dass die Modelle nicht ganz so stabil wie ihre Vorlagen sind.

ProFit berechnet den mittleren Abstand aller Residuen für zwei gegebene Protein Strukturen. Je kleiner der Abstand ist, desto besser passt das Modell an die Vorlage.

Modell Score in Å
1n2x Chain A,B 1.381
1m6y Chain A,B 1.322

Unsere Werte sind recht klein. Somit paßt das Target ziemlich gut auf die Vorlage.

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axel 2004-10-29