Target T0227

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Target T0227

Für unser Target T0227 haben wir mittels FUGUE, PDBblast, NCBIblast u.v.m. keine passenden Templates gefunden. Deshalb haben wir mittels der Tools 123D, 3D-PSSM, JPred, Loopp, MEMSAT2, mGenTHREADER, PSIPRED, SAM-T02, SAM-T99 und UCLA-DOE Sekundärstrukturen berechnen lassen.
Die Ergebnisse der verschiedenen Online- Datenbanken und Tools sahen wie folgt aus:

123D - Ergebnisse -
3D-PSSM - Ergebnisse -
JPRED - Ergebnisse -
Loopp - Ergebnisse -
MEMSAT - Ergebnisse -
mGenThreader - Ergebnisse -
PSIPRED - Ergebnisse [PS] [PDF] [JPG] -
SAM-T02 - Ergebnisse -
SAM-T99 - Ergebnisse (Sek. Struktur) -
UCLA-DOE- Ergebnisse -

Als nächstes analysierten wir die erhaltenen Sekundärstrukturen um eventuell Konsensussequenzen herauszufinden.

Mit dem Tool ProtoNet haben wir uns für unser Target Templates besorgt, welche im selben Cluster 249766 (Malate dehydrogenase, active site) wie unser Target T0227 liegen. Dadurch haben wir 5 Templates erhalten.

Template 1emd (PDB Descriptor):

>1EMD:_ MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN _
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVRRKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIIRSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK

Template 1mld (PDB Descriptor) mit Chain A, Chain B, Chain C, Chain D:

>1MLD:A MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN A
AKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLVSRLTLYDIAHTPGVAADLSHIETRATVKGYLGPE
QLPDCLKGCDVVVIPAGVPRKPGMTRDDLFNTNATIVATLTAACAQHCPDAMICIISNPV
NSTIPITAEVFKKHGVYNPNKIFGVTTLDIVRANAFVAELKGLDPARVSVPVIGGHAGKT
IIPLISQCTPKVDFPQDQLSTLTGRIQEAGTEVVKAKAGAGSATLSMAYAGARFVFSLVD
AMNGKEGVVECSFVKSQETDCPYFSTPLLLGKKGIEKNLGIGKISPFEEKMIAEAIPELK
ASIKKGEEFVKNMK
>1MLD:B MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN B
AKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLVSRLTLYDIAHTPGVAADLSHIETRATVKGYLGPE
QLPDCLKGCDVVVIPAGVPRKPGMTRDDLFNTNATIVATLTAACAQHCPDAMICIISNPV
NSTIPITAEVFKKHGVYNPNKIFGVTTLDIVRANAFVAELKGLDPARVSVPVIGGHAGKT
IIPLISQCTPKVDFPQDQLSTLTGRIQEAGTEVVKAKAGAGSATLSMAYAGARFVFSLVD
AMNGKEGVVECSFVKSQETDCPYFSTPLLLGKKGIEKNLGIGKISPFEEKMIAEAIPELK
ASIKKGEEFVKNMK
>1MLD:C MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN C
AKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLVSRLTLYDIAHTPGVAADLSHIETRATVKGYLGPE
QLPDCLKGCDVVVIPAGVPRKPGMTRDDLFNTNATIVATLTAACAQHCPDAMICIISNPV
NSTIPITAEVFKKHGVYNPNKIFGVTTLDIVRANAFVAELKGLDPARVSVPVIGGHAGKT
IIPLISQCTPKVDFPQDQLSTLTGRIQEAGTEVVKAKAGAGSATLSMAYAGARFVFSLVD
AMNGKEGVVECSFVKSQETDCPYFSTPLLLGKKGIEKNLGIGKISPFEEKMIAEAIPELK
ASIKKGEEFVKNMK
>1MLD:D MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN D
AKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLVSRLTLYDIAHTPGVAADLSHIETRATVKGYLGPE
QLPDCLKGCDVVVIPAGVPRKPGMTRDDLFNTNATIVATLTAACAQHCPDAMICIISNPV
NSTIPITAEVFKKHGVYNPNKIFGVTTLDIVRANAFVAELKGLDPARVSVPVIGGHAGKT
IIPLISQCTPKVDFPQDQLSTLTGRIQEAGTEVVKAKAGAGSATLSMAYAGARFVFSLVD
AMNGKEGVVECSFVKSQETDCPYFSTPLLLGKKGIEKNLGIGKISPFEEKMIAEAIPELK
ASIKKGEEFVKNMK

Template 1lib6 (PDB Descriptor) mit Chain A, Chain B, Chain C, Chain D:

>1IB6:A MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IB6:B MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IB6:C MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IB6:D MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK

Template 1ie3 (PDB Descriptor) mit Chain A, Chain B, Chain C, Chain D:

>1IE3:A MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IE3:B MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IE3:C MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK
>1IE3:D MALATE DEHYDROGENASE
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVARKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIICSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK

Template 2cmd (PDB Descriptor):

>2CMD:_ MALATE DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.37) - CHAIN _
MKVAVLGAAGGIGQALALLLKTQLPSGSELSLYDIAPVTPGVAVDLSHIPTAVKIKGFSG
EDATPALEGADVVLISAGVRRKPGMDRSDLFNVNAGIVKNLVQQVAKTCPKACIGIITNP
VNTTVAIAAEVLKKAGVYDKNKLFGVTTLDIIRSNTFVAELKGKQPGEVEVPVIGGHSGV
TILPLLSQVPGVSFTEQEVADLTKRIQNAGTEVVEAKAGGGSATLSMGQAAARFGLSLVR
ALQGEQGVVECAYVEGDGQYARFFSQPLLLGKNGVEERKSIGTLSAFEQNALEGMLDTLK
KDIALGQEFVNK

Die Templates sind recht unterschiedlich. Wir sind gespannt wie unsere Modelle aussehen. Sicherlich werden die Modelle recht ähnlich aussehen. Um die Modelle zu erzeugen haben wir von der PDB Datenbank die Template pdb-Files heruntergeladen und mittels FUGUE pir-Files erzeugt (dabei wurde ein Strukturalignment zwischen Target und Template erzeugt).

Mit Hilfe des MODELLERs wurde ein 3D-Modell des Targets zum jeweiligen Template erzeugt.

Ausgaben des MODELLERs:

Protein 1emd allein:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/1emd_index.ps}$

Target T0227 allein anhand 1emd:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0227_on_1emd_index.ps}$

Protein 1mld allein:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/1mld_chain.ps}$

Target T0227 allein anhand 1mld:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0227_on_1mld_index.ps}$

Protein 1lib6 allein:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/1ib6_chain.ps}$

Target T0227 allein anhand 1ib6:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0227_on_1ib6_index.ps}$

Protein 1ie3 allein:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/1ie3_chain.ps}$

Target T0227 allein anhand 1ie3:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0227_on_1ie3_index.ps}$

Protein 2cmd allein:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/2cmd_index.ps}$

Target T0227 allein anhand 2cmd:

$\includegraphics[scale=0.325]{ps/t0227_on_2cmd_index.ps}$

ProFit berechnet den mittleren Abstand aller Residuen für zwei gegebene Protein Strukturen. Je kleiner der Abstand ist, desto besser passt das Modell an die Vorlage.

Modell	Score in Å
1emd	6.758
1lib6	1.277
1ie3	12.904
1mld	16.584
2cmd

Nur der Wert für das Template 1lib6 hat einen kleinen Wert. Somit passt das Target nur auf dieses Templat recht gut. Die anderen Templates haben sehr starke Abweichungen zu unserem Target. Damit sind sie als Template nicht geeignet. Wir vermuten dass dies so ist, weil das verwendete Classification-Tool ProtoNet nach bestehenden Clustern sucht. Beim Clustering können unter Umständen (je nach verwendetem Algorithmus) sehr unterschiedliche Ergebnisse entstehen. Eine Aufgabe könnte jetzt sein, sich mit diesem Tool etwas mehr auseinander zu setzen, um die Funktionsweise besser zu verstehen. Vielleicht wird einem dann auch das Ergebnis der Abfrage von ProtoNet etwas klarer.

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axel 2004-10-29