Interferon Gamma ist ein Protein welches eine wichtige Rolle bei Immunreaktionen einnimmt. Vor allem bei viralen Befall der Zelle werden diese Fremdpartikel (RNA, dsRNA, DNA) von spezifischen Rezeptoren erkannt, was durch Zell-signaling zur starken Expression von Interferon Gamma fuehrt. Das Genprodukt ist Mediator fuer die Aktivierung von Makrophagen und foerdert inflammatorische Prozesse. Die mRNA von Interferon Gamma ist in der Lage, an die Proteinkinase R (PKR) zu binden und gleichzeitig zu aktivieren. PKR phosphoryliert im aktiven Zustand den eukaryotischen Initiationsfaktor 2A (EIF2a), wodurch die Proteinbiosynthese gehemmt wird. Darueber hinaus wirkt PKR proapoptotisch und ist in der Lage den NfkappaB Signalweg zu aktivieren, was eine weitreichende Immunantwort einleitet.
Die PKR Aktiviatorsequenz von Interferon Gamma mRNA soll in diesem Versuch naehergehend untersucht werden. Hierzu soll ausgehend von der Proteinsequenz von Interferon Gamma zunaechst der Exonbereich herausgesucht werden, welcher die PKR-Aktivatorsequenz enthaelt und durch ein Alignment mit verschiedenen Tiergenomen der Deuterostomia verglichen werden, um Rueckschluesse auf die Konservierung zu erhalten. Im zweiten Teil des Versuches soll die Struktur der Aktivatorsequenz naehergehend untersucht werden. Als Grundlage wird ein Paper von Chalamish et al. verwendet, welches eine Sekundaerstrukturvorhersage anhand von Mutationsstudien liefert. In diesem Versuch sollen bioinformatische Methoden zur Strukturaufklaerung verwendet werden.
Autoren: Toni Foerster und Christian Sonnendecker