Konservierung der Stem-Loop-Struktur
Mit dem Programm RNAfold wird die Sekundaerstruktur unter Beruecksichtigung der Minimum free energy (MFE) vorhergesagt. Nachfolgend sind die Sekundaerstrukturen von den phylogenetisch eng verwandten Spezies Homo sapiens und Pan troglodytes sowie Rattus norvegicus, einer weiter entfernten Spezies, dargestellt. In allen drei Sekundaerstrukturen wird der Stem-Loop in der energetisch guenstigsten Variante ausgebildet (umrahmt). Selbst die Strukturen von Homo sapiens und Pan troglodytes unterscheiden sich voneinander, was verdeutlicht, dass geringe Sequenzaenderungen grosse strukturelle Auswirkungen haben. Die fuer Rattus norvegicus vorhergesagte Struktur unterscheidet sich noch staerker.
Das Programm foldalign wurde verwendet, um ein Sequenz-Strukturalignment von Sequenzen einer Laenge bis zu 200 bp durchzufuehren. Die Scan-Funktion liefert eine Hitliste von Strukturelementen, geordnet nach Grad der Konservierung. Beim Alignment von Homo sapiens und Felis catus wurde als erster Hit eine Sequenz ausgegeben, die den Aktivator enthaelt, welcher zur Stem-Loop-Struktur gefaltet wurde.
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