; REALIGNING (22 201, 1 168) ; FOLDALIGN 2.1.0 ; REFERENCE J.H. Havgaard, E. Torarinsson and J. Gorodkin ; REFERENCE Fast pairwise local structural RNA alignments by pruning ; REFERENCE of the dynamical programming matrix ; REFERENCE PLOS computational biology, 2007 ; ALIGNMENT_ID Structure 1 ; ALIGNING Homo against Felis ; SEQUENCE_1_COMMENT ; SEQUENCE_2_COMMENT ; ALIGN ; ALIGN Score: 1618 ; ALIGN Identity: 73 % ( 132 / 182 ) ; ALIGN ; ALIGN Homo Begin 22 ; ALIGN Felis Begin 1 ; ALIGN ; ALIGN Homo GCUCAAAAAG AGAAUUGGGG GCUUAGGGUC GGAACCCAAG ; ALIGN Structure .(((.....) ))....(((( (((((((.(( .((.....(( ; ALIGN Felis GCUUAGAAAG AGAAUUAGGG GCUCAGGGCU GGGCCCCAAG ; ALIGN ; ALIGN Homo CUUAGAACUU UAAGCAACAA GACCACCACU UCGAAACCUG ; ALIGN Structure .((((....) )))....... 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N U 120 133 176 162 N C 121 134 175 161 N A 122 135 174 160 N A 123 136 173 159 N A 124 137 172 158 N C 125 138 170 156 N U 126 139 169 155 N G 127 140 168 154 N G 128 141 166 153 N G 129 142 165 152 N G 130 143 164 151 N C 131 144 162 149 N U 132 145 161 148 N U 133 146 . . N C 134 147 160 147 N C 135 148 159 146 N A 136 149 158 145 N G 137 150 157 144 N C 138 151 . . N A 139 152 . . N U 140 153 . . N U 141 154 . . N C 142 155 . . N A 143 156 . . N C 144 157 150 137 N U 145 158 149 136 N G 146 159 148 135 N G 147 160 147 134 N A 148 161 145 132 N G 149 162 144 131 N A 150 163 . . N U 151 164 143 130 N C 152 165 142 129 N U 153 166 141 128 G - . 167 . . N C 154 168 140 127 N A 155 169 139 126 N G 156 170 138 125 N G 157 171 . . N U 158 172 137 124 N U 159 173 136 123 N U 160 174 135 122 N G 161 175 134 121 N G 162 176 133 120 N G 163 177 . . 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