Aus der Sekundärstruktur, die mit RNAalifold erstellt wurde, muss ein Erpin [2] konformes 'training set' generiert werden. Die Sekundärstruktur besteht aus gepaarten und ungepaarten Abschnitten. Die gepaarten werden 'stems' genannt und jeder von ihnen in einer RNA Struktur erhählt eine fortlaufende gerade Nummer. Die ungepaarten Regionen (loops) erhalten für jede ihrer Seiten eine ungerade Nummer. Die Nummern sind inkrementell. Zu jeder Sekundärstruktur kann somit ein String mit einer alternativen Beschreibung der Struktur erzeugt werden, der als 'trainings set' für Erpin dient. Dabei wird jeder Position eine Nummer gemäss dieser Einteilung zugeteilt. Abbildung 2 zeigt die Nummerierung der Regionen für den Baum von miRNA-122. Das 'training set' für diese miRNA ist im folgenden abgebildet. Zweistellige Numern werden übereinander geschrieben (wie bei der 13).
11111111111122222233444444456666666666677777777777766666666666
944444441122211111111111111111
33333333333333333
Das Programm erpin wird mit dem trainings set und der zu suchenden Sequenz (.fasta Datei wie bei blastall) als Argument gestartet. Es muss angegeben werden nach welchen stems und welchen cut off das Programm suchen soll.
erpin miRNA-122.epn <.fasta> -cutoff 50 -region -2,2 -umask 10 8 -add 6
Der cutoff gibt die Score an mit der eine gefundene stem Region behalten werden soll (in Prozent oder generischer Score). Die Parameter in diesem Beispiel (für miRNA-122) bezeichnen die Region von -2 (die linke Seite des stems) bis 2 (die rechte Seite), die als Suchregion in Frage kommt. Die Suche startet mit dem -umask Parameter 10 und 8. Das sind die stems mit denen angefangen wird zu suchen. Alle efundenen Sequenzen mit einem Score besser als cutoff werden zwischen gespeichert. Im nächsten Schritt werden alle gefundenen Sequenzen, die auch für den stem 6 einen Match mit einem besseren score als cutoff haben behalten und schliesslich ausgegeben.
