Im Zeitraum vom 01.03.04 - 05.03.04 fand am Interdisziplinären Zentrum für Bioinformatik ( IZBI www.bioinformatik.uni-leipzig.de ) das Praktikum Modul Nukleinsäuren statt. Inhalt des Praktikums war es, die Gruppe der Spumaviren, hinsichtlich des Vorhandenseins konservierter RNA - Sekundärstrukturen zu untersuchen. Solche konservierten RNA-Sekundärstrukturen legen die Vermutung nahe, dass sie phylogentischen verwandten Viren eine mit Forteilen behaftete Funktionalität bereitstellen. Dabei wurden eine Reihe von Software verwendet, auf welche unter dem Punkt Beschaffung und Installation der Software genauer eingegangen wird.
Einen Überblick über den Ablauf des Praktikums, wird unter dem Punkt Ablauf des Praktikums gegeben. Die Gruppe der Spumaviren, welche zu den Retroviren gehören, wird unter dem Punkt Einordnung Spumaviren vorgestellt.
1. Datenbeschaffung (Extraktion der Sequenzdaten aus der NCBI Datenbank) |
2. Beschaffung und Installation der Software |
3. Durchführung (paarweises und multiples Alignment) |
4. Auswertung der Ergebnisse |