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Auswertung

Quellen

1. Multiples Alignment
2. Phylogentischer Baum
3. RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage

1. Multiples Alignment

1.1 - Ergebnisse des Programms clustalw

Das Ergebnis der paarweisen Alignments sah wie folgt aus:

Das Ergebnis des multiplen Alignments:

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
all-seq.aln	197.925	Alignment	clustalw
all-seq.dnd	282	Phylogenetischer Baum	clustalw

1.2 - Ergebnisse des Programms code2aln

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
all-seq.aln	178.411	Alignment	clustalw
info.ral	4.053	ORF Informationen	Text
ORF.ps	8.513	ORF's grafisch	PostScript
cluster.txt	646	Informationen zu den Gruppenbildungen der Sequenzen	Text

1.3 - Ergebnisse des Programms dialign2

Datei	Größe in Bytes	Phylogentischer Baums mit den Daten aus	Format
all-seq.ali	490.585	Alignment	dialign2
all-seq.aln	208.451	Alignment	clustalw

2. Phylogenetischer Baum

2.1 - Ergebnisse des Programms splitstree

Datei	Größe in Bytes	Phylogentischer Baums mit den Daten aus	Format
all-seq_clustalw.ps	20.339	clustalw	PostScript
all-seq_code2aln.ps	25.230	code2aln	PostScript
all-seq_dialign2.ps	19.539	dialign2	PostScript

3. RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage

3.1 - Ergebnisse des Programms RNAfold

*.mfe Dateien zur Weiterverarbeitung

Datei	Größe in Bytes	Sekundärstrukturvorhersage zu	Format
AF033816.mfe	10.704	Human spumaretrovirus (5340 bases)	*.mfe
AF525404.1.mfe	24.368	Simian foamy virus isolate HU6 (12171 bases)	*.mfe
M74895.1.mfe	26.246	Simian foamy virus type 3 (13111 bases)	*.mfe
NC_001364.1.mfe	26.519	Simian foamy virus (13246 bases)	*.mfe
NC_001736.1.mfe	26.511	Human foamy virus (13242 bases)	*.mfe
NC_001831.1.mfe	24.031	Bovine foamy virus (12002 bases)	*.mfe
NC_001871.1.mfe	20.985	Feline foamy virus (10479 bases)	*.mfe
NC_002201.1.mfe	24.097	Equine foamy virus (12035 bases)	*.mfe
U85043.mfe	20.990	Feline syncytial virus (10484 bases)	*.mfe
X54482.1.mfe	25.968	Simian foamy virus type 1 (12972 bases)	*.mfe

Grafische Darstellung

Datei	Größe in Bytes	Sekundärstrukturvorhersage zu	Format
AF033816_dp.ps	1.928.186	Human spumaretrovirus (5340 bases)	PostScript
AF525404.1_dp.ps*	-	Simian foamy virus isolate HU6 (12171 bases)	PostScript
M74895.1_dp.ps	5.694.893	Simian foamy virus type 3 (13111 bases)	PostScript
NC_001364.1_dp.ps*	-	Simian foamy virus (13246 bases)	PostScript
NC_001736.1_dp.ps*	-	Human foamy virus (13242 bases)	PostScript
NC_001831.1_dp.ps	4.518.570	Bovine foamy virus (12002 bases)	PostScript
NC_001871.1_dp.ps*	-	Feline foamy virus (10479 bases)	PostScript
NC_002201.1_dp.ps*	-	Equine foamy virus (12035 bases)	PostScript
U85043_dp.ps	4.094.544	Feline syncytial virus (10484 bases)	PostScript
X54482.1_dp.ps*	-	Simian foamy virus type 1 (12972 bases)	PostScript

* -> Die gekennzeichneten *.ps Dateien lagen zur Fertigstellung der Seite noch nicht vor

3.2 - Ergebnisse der Programme alifold, alidot und cmount

Sequenzabschnitt 1770 - 1840

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
1770_1840.aln	1.225	Alignment	clustalw
1770_1840_alidot.ps	2.917	Dot - Plot	PostScript
1770_1840_alidot-web.ps	4.862	Dot - Plot(webinterface)	PostScript
1770_1840_alifold-web.out	3.828	Ausgabedaten(webinterface)	Text
1770_1840_alirna.ps	6.067	Sekundärstrukturvorhersage	PostScript
1770_1840_alirna-web.ps	5.988	Sekundärstrukturvorhersage(webinterface)	PostScript
1770_1840_clustalx.ps	40.438	Alignment - ClustalX-Bild	PostScript
1770_1840-web_cmount.eps	1.735	Mountain - Plot (webinterface)	PostScript

Sequenzabschnitt 4500 - 4800

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
4500_4800.aln	5.200	Alignment	clustalw
4500_4800_alidot-web.ps	57.373	Dot - Plot(webinterface)	PostScript
4500_4800_alifold-web.out	70.163	Ausgabedaten(webinterface)	Text
4500_4800_alirna-web.ps	12.380	Sekundärstrukturvorhersage(webinterface)	PostScript
4500_4800_cmount-web.eps	3.305	Mountain - Plot (webinterface)	PostScript

Sequenzabschnitt 6693 - 6989

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
6693_6989.aln	4.319	Alignment	clustalw
6693_6989_alidot.ps	11.142	Dot - Plot	PostScript
6693_6989_alidot-web.ps	16.300	Dot - Plot(webinterface)	PostScript
6693_6989_alifold-web.out	16.161	Ausgabedaten(webinterface)	Text
6693_6989_alirna.ps	11.813	Sekundärstrukturvorhersage	PostScript
6693_6989_alirna-web.ps	11.819	Sekundärstrukturvorhersage(webinterface)	PostScript
6693_6989-clustalx.ps	166.901	Alignment - ClustalX-Bild	PostScript
6693_6989-web_cmount.eps	4.581	Mountain - Plot (webinterface)	PostScript

Sequenzabschnitt 1700 - 2100

Datei	Größe in Bytes	Beschreibung	Format
1700_2100.aln		Alignment	clustalw
1700_2100_alidot-web.ps		Dot - Plot	PostScript
1700_2100_alifold-web.out		Ausgabedaten(webinterface)	Text
1700_2100_alirna-web.ps		Sekundärstrukturvorhersage(webinterface)	PostScript
1700_2100_cmount-web.eps		Mountain - Plot (webinterface)	PostScript