mir-275 Cluster

Übersicht über das Cluster

Der mir-275 Cluster besteht aus den Familien mir-275 und mir-305. Beide wurden in verschiedenen Vertretern der Mandibulata wiedergefunden, wobei jeweils nur ein Cluster pro Genom gefunden wurde. Es wurden alle in der miRBase annotierten miRNAs gefunden; darüber hinaus wurden die Sequenzen in den Arten Daphnia pulex und Tribolium castaneum als kompletter Cluster entdeckt.

Das Sequenzfile mit genomischen Positionen sowie die Bäume der einzelnen Familien sind hier verfügbar:
Fasta von mir-275 |Baum der mir-275
Fasta von mir-305 | Baum der mir-305
Baum des gesamten Clusters

Evolutionäre Geschichte

Abbildung: Aufbau des mir-275 Clusters
Download als eps

Die Rekonstruktion der Evolutionsgeschichte ist relativ einfach, da das gesamte Cluster höchst wahrscheinlich nach dem Entwicklung der Mandibulata entstanden ist. Um dies genauer in Erfahrung zu bringen müsste noch gegen Ixodes scapularis geblastet werden, wobei dieses Genom noch nicht richtig assembliert ist und deswegen auch keine vollstaendige Auflösung bringen kann. Der Versuch die Sequenzen in Nematoden beziehungsweise in Molluscen oder Anneliden zu finden schlug fehl. D.h. es sind mit hoher Sicherheit sehr spezifische microRNAs. Dies erkennt man auch am Clusteraufbau und dem Clusterbaum, denn die Sequenzen zeigen eine hohe Konservierung und der Clusteraufbau ist über alle Vertreter der Mandibulata konsistent. Lediglich bei Daphnia pulex wurden beide miRNAs auf verschiedenen Contigs gefunden, da aber das Genom noch nicht volständig ist, auf vielen einzelnen Contigs verstreut liegt und bei allen anderen Arten ein einheitlicher Aufbau zu erkennen ist liegt die Vermutung nahe, dass dies auch hier der Fall ist. Einen Aufschluss über eine mögliche regulatorische Verwendung konnte die Tarbase leider nicht liefern.