Die Ergebnisse aus dem "pwmatch" Vergleich können mit dem Skript "results2table.pl" in HTML- oder Text-Form gebracht werden.
Zum FootPrinter:
Wie unschwer aus den obigen Tabellen zu sehen ist, findet pwmatch eigentlich nur 3 Matrizen wieder in den vom FootPrinter ausgegebenen Sequenzen. Ein Grund dafür ist die zu kurze Sequenzlänge. Viele der annotierten Elemente sind wesentlich länger als der zugelassene und empfohlene Bereich des entsprechenden Parameters des FootPrinters. Wir haben eine Länge von 10 gewählt, bei denen obige 3 Matrizen auch wiedergefunden wurden. Erhöht man diesen Paramter (valid range laut manual ist 6-16), sinkt die Zahl der verwertbaren konservierten Regionen dramatisch; die Alignments haben dann zu weit mehr als 50% lediglich 2 Sequenzen, wurden also in 2 von 13 Organismen gefunden. Im Vergleich zu Dialign scheint hier sehr viel Information verloren zu gehen. Die FootPrinter Ergebnisse können also nicht für weitere Betrachtungen verwendet werden.
Zu Dialign:
Im Gegensatz zum FootPrinter wurden hier alle Matrizen gefunden. In der Tabelle sind die Matrizen aufgelistet, die am konserviertesten waren (min. 7 Organismen mit score >= 0.85)
| Methode 1 | Methode 2 |
| arcA | |
| dnaA | |
| farR | farR |
| fnr | |
| hns | hns |
| malT | malT |
| metJ | |
| torR | torR |
Die Matrizen stammen aus E.coli K12, wurden aber nicht wie erwartet mit sehr hohem Score in selbigem immer gefunden. Um zu sehen, ob dies vielleicht an den Verfahren liegt, wurde zum Vergleich pwmatch mit den matrizen noch auf den Ausgangsdaten der beiden Methoden gestartet:
Dateien: "pre_methode1.tar.gz" & "pre_methode2.gz"
Achtung, hier sind die Matrizen aufgeführt, die obige Auswahlkriterien nicht erfüllen!!!
| methode1_upstream | methode2_tf |
| ada | ada |
| araC | araC |
| cysB | cysB |
| deoR | |
| fadR | |
| fhlA | |
| fis | |
| flhCD | flhCD |
| hipB | hipB |
| ihf | ihf |
| ilvY | |
| lacI | lacI |
| marR | marR |
| melR | melR |
| metJ3 | |
| modE | |
| oxyR | oxyR |
| rhaS | rhaS |
| rpoD15 | rpoD15 |
| rpoD16 | |
| rpoD17 | |
| rpoD18 | |
| rpoD19 | |
| rpoE | rpoE |
| rpoH2 | rpoH2 |
| rpoH3 | rpoH3 |
| rpoS17 | |
| rpoS18 | rpoS18 |
| soxS | |
| tus | tus |
Wie man sieht, fallen bei Methode 2 schon von vornherein etliche Sequenzen weg, was aber auf den unter "Durchführung" beschriebenen Fehler zurückzuführen sein könnte.