Ausgehend aus NJ Bäumen von Tfsearch aus 3.1 untersuchen wir die Motivverteilung für das Hox Aa11 in Zebrafisch und den beiden Kugelfischen. In Abbildung 7 kann man einen Motivplot über die 500 Basen stromaufwärts erkennen (Position 501 entspricht dem Transkriptionsstart des Hoxgens). Auffällig ist die Ansammlung von Motiven in den Bereich um Basenpaar 325 (8,10 Motive) und 350 (2 Motive). Die folgenden Motive kommen bei Tn und Fr gleich vor: 121 (fw/rev), 122(fw/rev), 217(fw/rev), 236 (fw/rev), 101 (fw), 75 (fw), 76 (fw). Bei Danio rerio fehlen 236, 101, 75 und 76. Die Motive 236 und 101 schliessen sich unmittelbar hintereinander an und sind als etwas längerer Strich dargestellt. 75 und 76 sind die 2 Striche auf der Höhe von Basenpaar 350.
Die Motive 121,122 und 217 binden den stimulierenden Faktor USF (Upstream stimulatory factor), der u.a. in Ratte, Maus und Mensch identifiziert wurde. Informationen zu den einzelnen Motiven befinden sich in diesem transfac_db.txtTRANSFAC Dokument.
