Wir generieren die NJ Bäume über die Menge aller gefundenen Motive für das jeweilige Tool. Die Bäume für Tfsearch und Pwmatch sind sich in der Art der Verzweigung und der Verteilung der Motive änlich (Abbildung 2, 3). Das war auch anzunehmen, da sie beide Bindungsstellen in der TRANSFAC Datenbank über die fasta Sequenzen suchen. Charakteristisch sind hier das eng beieinander auftretende Vorkommen von gleichen Hoxpromotern in den beiden Kugelfischen (z.B. Hox Ab1 in Fr und Tn). Promoter aus dem Zebrafisch kommen aber auch in einigen Fällen zusammen mit den Kugelfischen vor (Hox Ca9 in Fr,Tn und Dr). Diese werden wir im Abschnitt 3.2 näher betrachten. Allerdings ist Aufgrund der starken, sehr gleichmässigen Verzweigung und der auffälligen Zentralisierung eine Interpretation der Daten schwierig.
Die Bäume von Meme und AlignAce haben eine enge Anordung von Regulationsbereichen der gleichen Organismen und Hox Clustern. Sie zeigen keine Ähnlichkeit zu denen von Tfsearch und Pwmatch. Das liegt an der Durchführung der Motivsuche. Wir haben den beiden Programmen jeweils alle Sequenzen eines Hox Clusters übergeben. Aus dieser Menge von Sequenzen wurden die Motive ermittelt. Die Abbildungen 4 und 5 zeigen letztenendes nur unsere Vorgehensweise, also wie Meme und AlignAce gearbeitet haben. Die Cluster, die wir den Programmen übergeben haben, bilden Motiv Cluster in den Bäumen. Damit scheinen die Ergebnisse nicht weiter von Bedeutung zu sein. Die Abbildung 6 zeigt den Baum von Consensus. Dort wurden nur Motive im Zebrafisch gefunden. Generell hat Consensus nur sehr auffällige (u.a. USF) Motive gefunden.
