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Übersicht der Arbeitsschritte zur Untersuchung der Sequenz T0134 Schritt 1) Alignmentsuche in Datenbank Schritt 2) Fold-Recognation Schritt 3) Erstellung von Sekundärsequenzen Sequenzdaten Schritt 1) Alignmentsuche in einer Proteindatenbank Schritt 2) Fold-Recognation
Da im ersten Schritt keine Alignments fuer unsere Sequenz aufzufinden waren,
wird nun mit dem Schritt der Fold-Recognation versucht ein zu unserer
Sequenz passend homologes Protein zu finden. Dazu wird das Tool FUGUE
verwendet. Leider ergibt auch diese Datenbanksuche ein negatives Ergebnis.
Es werden nur unzureichend unsichere Proteine als homolog zu unserer
Sequenz beschrieben. Die Ergebnisauswertung kann hier eingesehen werden.
(link)
Es bleibt also festzuhalten, dass in diesem Untersuchungsbeispiel T0146 kein
homologes Protein aus einer der Datenbaenke gewonnen werden konnte und somit
kein 3D-Modell erstellt werden kann. In der Folge werden jedoch die
Sekundaerstrukturen untersucht.
Schritt 3) Erstellung von Sekundärsequenzen
Ohne ein passendes Alignment werden nun zunaechst Sekundaerstrukturvorhersagen
mit weiteren Tools erstellt. Es werden mehrere Sekundaerstrukturen von
unterschiedlichen Tools erzeugt. So ist es eventuell spaeter moeglich,
durch den Vergleich der verschiedenen Modelle eine Gruppe dieser Modelle
zu favorisieren. Ergebnisse:
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