H', a helix
element;
'E', a beta
strand element
'-', a turn element
L == loop
C = coil
Secondary structure prediction (H = helix, E = strand, - = no
prediction):
Fasta
|
__Dsc__ |
3D-PSSM Fold Library |
PSIPred |
nnPredict |
|
LLLLLL HHHHHHHHH LLL EEEE LLLL EEEEE LLLL HHHHHHHHHHHHHHH LLLLL EEEEEEE LLLLL EEEEEEEEEE LLL EEEEE L HHHHHHHHHHHHHHHH LLL EEEE LLLL H EEEEE LL HHHHHHHHHHH LLLLLLLLLLLLLLL EEEE LLLLLLLL EEEEE L HHHHHHHHHHHHH LLLLLL HHHHHHHHHHH LLLLLLLLLLLLLL HHHHHHHHH LL EE LLLLLLLL HHHHHHHHHH LL HHHH EEEEEE LLLLLLLLLLL EEE LLLLLLLL EEEEEEEEE LLLLL EEEEEEE HHHH LLLL EEEE LLLLL EEEEE LLLLLLLL Insgesamt 325 |
C(18) ****************** E(4) **** C(3) *** E(7) ******* C(3) *** H(16) **************** C(4) **** E(7) ******* C(5) ***** E(9) ********* C(4) **** E(6) ****** C(3) *** H(12) ************ C(3) *** E(6) ****** C(3) *** E(6) ****** C(3) *** H(7) ******* C(1) * H(4) **** C(5) ***** E(5) ***** C(3) *** E(7) ******* C(4) **** E(5) ***** C(2) ** H(6) ****** C(1) * H(3) *** C(11) *********** H(8) ******** C(16) **************** H(7) ******* C(3) *** E(4) **** C(6) ****** H(9) ********* C(5) ***** E(7) ******* C(11) *********** E(5) ***** C(9) ********* E(8) ******** C(3) *** E(7) ******* C(8) ******** E(6) ****** C(4) **** E(5) ***** C(8) ******** |
C C C C H H H C C C C E E E E E E E E C C E E E E E E E E E E C C E E E E E E E E E E E E C C E E E E E C C C C C H H H H H H H H H H H H H C C C C C E E E E E C C C C C H H H H C C H H H H H H H C C E E E E C H H H H H H H H H H C C C C C C E E C C C C C C C C E E E E E C C E E E E E C C C C C C C C C C E E E E C C C C E E E E E H H C C C C C C C C C C C C C C C C H H H H H H H H H H H H H H H C C C C E E E E C C C C C C C H H H H H H H H H H H H H H H C Insgesamt 230 |
CCCCCCCCCC HHHH CCCC EEEE CCCC EEEEEE C HHHHHHHHHH C HHH CCCCCCCC EEEEEEE CCCCC EEEEEEEEE CCC EEEEEE CC HHHHHHHHHHHHH CCCCCC EEEE CCC EEEEEEE CCC HHHHHHHHHH CCCCCCC EEEE CCC EEEEE CCCCCC EEEEEE C HHHHHHHHHHHHH CCCCCCC HHHHHHHHHH CCCCCCCCCCCCCC HHHH CC HHH CCCCCCCCCC HHHHHHHHHHH CCCCC EEEEEEEE CCCCCCCCCC EEEEE CCCCCC EEEEEEEEEE CCCCC EEEEEEE CCCCCCCC EEEE CCCCC EEEEE CCCCCCCC Insgesamt 325 |
---------------- HH E HH - H - HHHHH EE ------ HH -------- H - HHHHHHHHHHHHHH ----- HHHHH E ------- EE HHH ------- HHHHHHHHH - EE ------- HHH EEE HHHHHHHHHHHHHH ------- HHH E HH - HHHHHHHH ---- HH EEE --- H - HHHHHH ----- H - HH -- HHHHHHHH ----- EE --------------- HH ---- E -------- HHHHHHHHHH --- HHHHHHHH ---------- HHHHHHH ----- H -- HHHHHHH ----- EEEEEE ------ ---- EEE ------------------ insgesamt 325 |
Auswertung der Sekundärstrukturanalyseergebnisse
Zunächst wird in dieser Auswertung deutlich, dass die Vorhersage von 3DPSSM sich
lediglich auf einen Sequenzteil von nur 230 Aminosäuren bezieht, im Gegensatz zu
325 Aminosäuren bei den anderen Auswertungen.
Weiterhin ist deutlich zu erkennen, dass besonders die Vorhersage von nnpredict ein unbefriedigendes
Ergebnis liefert. Dies liegt an der Tatsache, dass für viele Stellen nicht vorhergesagt werden
konnten, gekennzeichnet mit einem "-".
Sehen wir einmal von dieser Auswertung ab, bleiben noch vier weitere Auswertungen. Es erscheint
sinnvoll diese auf Gleichheiten zu überprüfen und Sequenzabschnitte gewisser
Gleichheit als wahrscheinlicher zu postulieren. Diese Auffälligkeiten werden im
Folgenden dargestellt:
1) Der Anfang unserer Sekundärstruktur scheint folglich aus beta-Faltblatt-Strukturen
und Random-Coils zu bestehen.
2) Auffällig ist der erste große Sequenzabschnitt mit einer Helixstruktur, ab ca. der
Aminosäure 35. (FASTA, DSC, PSIPred)
3) Auch in der Mitte der Sequenzen treten vermehrt Helix-Strukturen auf (ca. bis zur
230 Aminosäure). In diesen Kontext lässt sich dann auch die verkürzte Auswertung von
3DPSSM gut miteinbeziehen, geht man davon au, sie umfasste die Aminosäuren 1 bis 230.
4) Ab diesem Stück folgt keine Helix-Struktur mehr, es werden am Ende der Sequenz
nur beta-Faltblatt-Strukturen und Random-Coils vorhergesagt.