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Results for CNB 90322_0-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399     ATCAAAACGAGCCTTTCTCTCGAAAATTGTTCTTTTCATTCGCGAGGAGAAAGATTCTGG
90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399        ATAAAAACGAGCCTTTCTCTCGAAAATTGTTCTTTTCATCCACGAGGAGAAAGGTCCTGG
90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399       ATCAAAACGAGCCTTTCTCTCGAAAATTGTTCTTTTCATTCGTGAGGAGAAAGATCCTGG
90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399 ATAAAAAGGAGCCATTTGCAGGAAAACTGTTCCTCTCATCTAGAGAGGGAAGTGTCCACG
                                                   ** **** ***** **  *  ***** ***** * ****       * ***   * *  *


90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399     GCAGGATCAGGGCTTAAAAATGACTTGGCATTGCAAGCTAGAGTCTTGCCGACGCAGTTC
90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399        ACAGGATCGGGGCTTAAAAATGACTTGGCATTGAAAGCCGGAGTCTTTCTGACACCGTTT
90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399       GCAGGATCAAGGCTTAAAAATGACTTGGCATTGGAAGCTAGAGTCTTGTCTACGCTGTTC
90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399 TCATACTC-TGGTTAAAAAATGACTTTTCATTTAAA--TGCAATCCTT-------AATTG
                                                    **   **  ** * ***********  ****  **     * ** *          ** 


90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399     GATGCGACACCG-CGGGCCCGGC-GTCCGCTGGGTCCCTCCAGGCTAACGGTAGCTGCTG
90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399        GGAGCGATGCGGCCAGGCCCGGCTGTCCGCTGGGTCCCTCCAGGCTACCGGCAGCTCGAG
90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399       GATGCGACACCG-CGGGCCCGGC-GTCCGCTGGGTCCCTCCAGGCTAACGGTAGCTGCTG
90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399 GAT---TTTCTA-CGG--TCGAC--ACCG-TGATTCCC-CAAGGCTATACCCACCAGGAG
                                                   *        *   * *   ** *   *** **  **** * ******     * *    *


90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399     G-AGAAGCCGAGGGCTGGGTTTTTAGGAATTCACCATTTTCACCCCCTTCGGAGCCGACA
90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399        G-AGGAGCCCAGGGCTGGGTTTTTAGGAATTCACCATTTTCACCCCCTTCGGAGCCGACA
90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399       G-AGAAGCCGAGGGCTGGGTTTTTAGGAATTCACCATTTTCACCCCCTTCGGAGCCGACA
90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399 GCAGGATCTCCCG--TTTTTCTCTCTGAATTCACCATTTTCACCCTCTT-GAAGAATCCA
                                                   * ** * *    *  *   * * *  ******************* *** * **    **


90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399     CTTCATCACGCGGGATCATTCTGTCAAACAATATGATGCTGCTCATTTTTATCTGTCCCG
90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399        CTTCATCATGCGAGATCATTCTGTCAAACAATATGATGCTGCTCATTTTTATCTGTCCCG
90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399       CTTCATCACGCGGGATCATTCTGTCAAACAATATGATGCTGCTCATTTTTATCTGTCCCG
90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399 CTCTATCAACCTGCAACTTTCTGTCAAACAATATGATCCAGCTCATTTTTAACAGTCCC-
                                                   **  ****  *   * * ******************* * *********** * ***** 

90322_0-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  76.72
 Mean single sequence MFE: -95.86
 Consensus MFE: -54.61
 Energy contribution: -59.92
 Covariance contribution:   5.31
 Mean z-score:  -2.03
 Structure conservation index:   0.57
 SVM decision value:   0.64
 SVM RNA-class probability: 0.808937
 Prediction: RNA

######################################################################

>90322_ENSMUSG00000045192_MOUSE_4757_5152/1-399
AUCAAAACGAGCCUUUCUCUCGAAAAUUGUUCUUUUCAUUCGCGAGGAGAAAGAUUCUGGGCAGGAUCAGGGCUUAAAAAUGACUUGGCAUUGCAAGCUAGAGUCUUGCCGACGCAGUUCGAUGCGACACCGCGGGCCCGGCGUCCGCUGGGUCCCUCCAGGCUAACGGUAGCUGCUGGAGAAGCCGAGGGCUGGGUUUUUAGGAAUUCACCAUUUUCACCCCCUUCGGAGCCGACACUUCAUCACGCGGGAUCAUUCUGUCAAACAAUAUGAUGCUGCUCAUUUUUAUCUGUCCCG
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>90322_ENSG00000187140_HUMAN_4513_4910/1-399
AUAAAAACGAGCCUUUCUCUCGAAAAUUGUUCUUUUCAUCCACGAGGAGAAAGGUCCUGGACAGGAUCGGGGCUUAAAAAUGACUUGGCAUUGAAAGCCGGAGUCUUUCUGACACCGUUUGGAGCGAUGCGGCCAGGCCCGGCUGUCCGCUGGGUCCCUCCAGGCUACCGGCAGCUCGAGGAGGAGCCCAGGGCUGGGUUUUUAGGAAUUCACCAUUUUCACCCCCUUCGGAGCCGACACUUCAUCAUGCGAGAUCAUUCUGUCAAACAAUAUGAUGCUGCUCAUUUUUAUCUGUCCCG
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>90322_ENSRNOG00000009021_RAT_3090_3484/1-399
AUCAAAACGAGCCUUUCUCUCGAAAAUUGUUCUUUUCAUUCGUGAGGAGAAAGAUCCUGGGCAGGAUCAAGGCUUAAAAAUGACUUGGCAUUGGAAGCUAGAGUCUUGUCUACGCUGUUCGAUGCGACACCGCGGGCCCGGCGUCCGCUGGGUCCCUCCAGGCUAACGGUAGCUGCUGGAGAAGCCGAGGGCUGGGUUUUUAGGAAUUCACCAUUUUCACCCCCUUCGGAGCCGACACUUCAUCACGCGGGAUCAUUCUGUCAAACAAUAUGAUGCUGCUCAUUUUUAUCUGUCCCG
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>90322_ENSDARG00000021032_ZEBRAFISH_6596_6966/1-399
AUAAAAAGGAGCCAUUUGCAGGAAAACUGUUCCUCUCAUCUAGAGAGGGAAGUGUCCACGUCAUACUCUGGUUAAAAAAUGACUUUUCAUUUAAAUGCAAUCCUUAAUUGGAUUUUCUACGGUCGACACCGUGAUUCCCCAAGGCUAUACCCACCAGGAGGCAGGAUCUCCCGUUUUUCUCUCUGAAUUCACCAUUUUCACCCUCUUGAAGAAUCCACUCUAUCAACCUGCAACUUUCUGUCAAACAAUAUGAUCCAGCUCAUUUUUAACAGUCCC
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>consensus
AUAAAAACGAGCCUUUCUCUCGAAAAUUGUUCUUUUCAUCCACGAGGAGAAAGAUCCUGGGCAGGAUCAGGGCUUAAAAAUGACUUGGCAUUGAAAGCUAGAGUCUUGCCGACGCAGUUCGAUGCGACACCG_CGGGCCCGGC_GUCCGCUGGGUCCCUCCAGGCUAACGGCAGCUGCAGG_AGAAGCCCAGGGCUGGGUUUUUAGGAAUUCACCAUUUUCACCCCCUUCGGAGCCGACACUUCAUCACGCGGGAUCAUUCUGUCAAACAAUAUGAUGCUGCUCAUUUUUAUCUGUCCCG
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90322_0-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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