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Results for CNB 81335

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

81335_ENSG00000179388_HUMAN_9329_9428/1-100        CTAATGTTCCATTGTGAGGAGCTTCCATTGTGACGTCGCGCCCCTTCGGCTGGGCTTTGT
81335_ENSDARG00000011592_ZEBRAFISH_9592_9685/1-100 -TAATGTTCCACTATGAGGAGCTTCCAT-GTGACGTCGCGCGGC--CGTCTAG-CTTTGT
81335_ENSRNOG00000017828_RAT_9150_9249/1-100       CTAATGTTCCATTGTGAGGAGCTTCCATTGTGACGTCGCGCCCCTTCGGCTGGGCTTTGT
81335_ENSMUSG00000033730_MOUSE_9335_9433/1-100     -TAATGTTCCATTGTGAGGAGCTTCCATTGTGACGTCGCGCCCCTTCGGCTGGGCTTTGT
                                                    ********** * ************** ************  *  ** ** * ******


81335_ENSG00000179388_HUMAN_9329_9428/1-100        CTGTCCATATATGGGCAGCTACGTCACGGAGCTTTCCCGG
81335_ENSDARG00000011592_ZEBRAFISH_9592_9685/1-100 GTGTCCATAAATGGTCATCTACGTCACGAAGTTGTTCCG-
81335_ENSRNOG00000017828_RAT_9150_9249/1-100       CTGTCCATATATGGGCAGCTACGTCACGGAGCTTTCCCGG
81335_ENSMUSG00000033730_MOUSE_9335_9433/1-100     CTGTCCATATATGGGCAGCTACGTCACGGAGCTTTCCCGG
                                                    ******** **** ** ********** ** * * *** 


//

81335.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  89.82
 Mean single sequence MFE: -35.53
 Consensus MFE: -28.17
 Energy contribution: -29.05
 Covariance contribution:   0.88
 Mean z-score:  -1.88
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.64
 SVM RNA-class probability: 0.807337
 Prediction: RNA

######################################################################

>81335_ENSG00000179388_HUMAN_9329_9428/1-100
CUAAUGUUCCAUUGUGAGGAGCUUCCAUUGUGACGUCGCGCCCCUUCGGCUGGGCUUUGUCUGUCCAUAUAUGGGCAGCUACGUCACGGAGCUUUCCCGG
.....(((((.......((.....))...(((((((.(((((((....)..))))......((((((....)))))))).))))))))))))........ ( -38.40)
>81335_ENSDARG00000011592_ZEBRAFISH_9592_9685/1-100
UAAUGUUCCACUAUGAGGAGCUUCCAUGUGACGUCGCGCGGCCGUCUAGCUUUGUGUGUCCAUAAAUGGUCAUCUACGUCACGAAGUUGUUCCG
................(((((..(..((((((((((((.(((......))).))))((.(((....))).))...))))))))..)..))))). ( -26.90)
>81335_ENSRNOG00000017828_RAT_9150_9249/1-100
CUAAUGUUCCAUUGUGAGGAGCUUCCAUUGUGACGUCGCGCCCCUUCGGCUGGGCUUUGUCUGUCCAUAUAUGGGCAGCUACGUCACGGAGCUUUCCCGG
.....(((((.......((.....))...(((((((.(((((((....)..))))......((((((....)))))))).))))))))))))........ ( -38.40)
>81335_ENSMUSG00000033730_MOUSE_9335_9433/1-100
UAAUGUUCCAUUGUGAGGAGCUUCCAUUGUGACGUCGCGCCCCUUCGGCUGGGCUUUGUCUGUCCAUAUAUGGGCAGCUACGUCACGGAGCUUUCCCGG
....(((((.......((.....))...(((((((.(((((((....)..))))......((((((....)))))))).))))))))))))........ ( -38.40)
>consensus
_UAAUGUUCCAUUGUGAGGAGCUUCCAUUGUGACGUCGCGCCCCUUCGGCUGGGCUUUGUCUGUCCAUAUAUGGGCAGCUACGUCACGGAGCUUUCCCGG
.................((((((((....(((((((.((((((........))))......((((((....)))))))).)))))))))))))...)).. (-28.17 = -29.05 +   0.88) 

81335.rnaz

RNAalifold consensus structure

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