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Results for CNB 73068_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCTTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG
73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378        AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG


73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG
73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC


73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC


73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378        TTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTACGCTTGCGCTTCTTG
73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA

73068_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  89.44
 Mean single sequence MFE: -132.60
 Consensus MFE: -109.04
 Energy contribution: -112.85
 Covariance contribution:   3.81
 Mean z-score:  -1.36
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:  -0.05
 SVM RNA-class probability: 0.510012
 Prediction: RNA

######################################################################

>73068_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>73068_ENSRNOG00000022146_RAT_323_699/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCUUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUACGCUUGCGCUUCUUG
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>73068_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378
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>73068_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>consensus
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73068_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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