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Results for CNB 72936_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC


72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366            AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG
72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG


72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG
72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT


72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT


72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366            TTCAGTACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA

72936_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.44
 Mean single sequence MFE: -130.77
 Consensus MFE: -103.56
 Energy contribution: -105.60
 Covariance contribution:   2.04
 Mean z-score:  -1.53
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.14
 SVM RNA-class probability: 0.604918
 Prediction: RNA

######################################################################

>72936_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_691/1-366
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72936_ENSRNOG00000018055_RAT_337_701/1-366
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGUACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72936_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366
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>72936_ENSG00000184260_HUMAN_289_653/1-366
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72936_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_656/1-366
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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72936_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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