Index >

Results for CNB 72798_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366          CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366      CACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366             TACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC


72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366            AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366             AGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG


72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366             ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC


72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366            TTCAGTACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366             TTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72798_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.13
 Mean single sequence MFE: -130.57
 Consensus MFE: -105.56
 Energy contribution: -107.76
 Covariance contribution:   2.20
 Mean z-score:  -1.60
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:   0.34
 SVM RNA-class probability: 0.694471
 Prediction: RNA

######################################################################

>72798_ENSMUSG00000043515_MOUSE_327_691/1-366
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
.....(((((((((((((.(((((.(((....((...)).))).))))).))))...))))))))).((((.(((.(((((((((..(((((..(((((((((((((((..((..((((((((..(((((...(((..(((((...))))))))..)))))))))))))..))..))))).))..((((..((((.....))))..))))..)))))(((((((((((..(((((..(((....)))...))))).)).)))))).)))....)))..))))))))))))))))).)))) ( -142.60)
>72798_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_291_655/1-366
CACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
.....((((...((((((..(((.((.......((((.(((.(((((((((((((((((((...((((.....))))(((((((.(.((((((.(.((((....)))).))))))).).)))))))......)).))))))))))..((.((((((((((((.((.....((..(((((....)))))..)).....)).))))))).....))))).))))))))).))).))))........)))))..))))))......(((((((..((.......))..)))))))..)))).. ( -113.26)
>72798_SINFRUG00000141037_FUGU_315_680/1-366
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((...)).)))....(((((.(((.((.........))))))))))..))))((((((((......)))))))))))))))..((((((..(((.(((.((((((((...(((((....)))))))))..)).)).))).))).))))))......))))))))))).))))).)))...).)))..))))))......(((((((..(........)...))))))))))))... ( -125.80)
>72798_ENSRNOG00000018055_RAT_337_700/1-366
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGUACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((((((((((....(((..((...(((((.(((((((((.((((.(((..((((..((..((((((((((((((((.((((((((((..((....))..)).)))))))).)))))))))))...((((.(((((...))))).))..))((((.(((((......(((....))).))))).)))).)))))..))..))))..)))))))..))))))))).))))).)).)))((((...))))..)))))))).((((((........))))))......)))))... ( -133.60)
>72798_ENSG00000124518_HUMAN_319_684/1-366
UACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
.....(((((((((((((.(((((.(((....((...)).))).))))).))))...)))))))))...((((((.((((((((((.((((..((((((((....(((((.((((((((((((..(((((((.(((..((((.....)))))))))))))))))))))).((.(((((.(((......))).))))))))))).)))))....))))).)))(((((((((((...(((...)))))))))).))))......((((.....)))))))).).))))))))))))))).. ( -137.60)
>consensus
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((((((((((.....))).(((((((((((.((((((((....(((....)))...)))))))).)))))))))))..)).))))))))))...((((....((.(((.((.....((..(((((....)))))..)).....)).))).))....))))......))))))))))).))))).)))....))))..)))))).........(((((..........)))))......)))))... (-105.56 = -107.76 +   2.20) 

72798_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF