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Results for CNB 72438_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382          -ACTTGGCGCTAGTATACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382            AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG


72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC


72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382            TTCAGTACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72438_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.04
 Mean single sequence MFE: -129.87
 Consensus MFE: -100.66
 Energy contribution: -103.26
 Covariance contribution:   2.60
 Mean z-score:  -1.46
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:  -0.06
 SVM RNA-class probability: 0.504256
 Prediction: RNA

######################################################################

>72438_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGUACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72438_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72438_ENSMUSG00000044745_MOUSE_289_668/1-382
ACUUGGCGCUAGUAUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72438_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_671/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>72438_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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72438_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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