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Results for CNB 72373_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC
72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC


72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG


72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG
72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC
72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC


72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72373_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  89.49
 Mean single sequence MFE: -134.72
 Consensus MFE: -112.78
 Energy contribution: -115.90
 Covariance contribution:   3.12
 Mean z-score:  -1.69
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   0.54
 SVM RNA-class probability: 0.774627
 Prediction: RNA

######################################################################

>72373_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72373_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72373_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378
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>72373_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_704/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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72373_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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