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Results for CNB 72358_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         TTACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGC
72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGC
72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        -TACTTGGCGCTTGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCCGACACAGCGTGCTTAGC
72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367      TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGC


72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         CAGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGA
72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGC
72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CAGTTCTCCGGGCAGTAGGAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGCGATGTGATTGTAGA
72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367      CAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGA


72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         GCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT
72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       GCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTT
72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGAGAAGCCTCGTTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCATT
72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367      GCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT


72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         GACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG
72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        GACAAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACCTG
72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367      CACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG


72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         CTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CTTCAGCACCTTGTACACATAGATGGAGTAGCTCTCCTTGCGACTGCGCTTGCGCTTCTT
72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT

72358_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.22
 Mean single sequence MFE: -128.75
 Consensus MFE: -101.45
 Energy contribution: -105.33
 Covariance contribution:   3.88
 Mean z-score:  -1.42
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.02
 SVM RNA-class probability: 0.543848
 Prediction: RNA

######################################################################

>72358_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367
UUACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72358_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>72358_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367
UACUUGGCGCUUGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCCGACACAGCGUGCUUAGCCAGUUCUCCGGGCAGUAGGAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGCGAUGUGAUUGUAGACCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGAGAAGCCUCGUUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCAUUGACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACAUAGAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGACUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72358_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_709/1-367
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>consensus
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72358_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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