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Results for CNB 72326_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375          -GCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCCAGCTCCC
72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375           AGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375          AGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375             CGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAACTCCC
72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375      AGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCCAGTTCTC


72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375          CGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375           CCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCGCGCTTGT
72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375          CGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375             CAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAGCGCTTGT
72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375      CGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAGCGCTTGT


72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375          TGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375           TGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTCACAAACG
72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375          TGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375             TGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTCACAAACG
72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375      TGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTTACAAATG


72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375          AGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTGCTTAAGC
72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375           AGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGCTTCAGC
72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375          AGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGCTTCAGC
72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375             AATTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGCTTCAGA
72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375      AGTTCATAA-TGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGTTTTAGT


72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375          ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTAGCCGTCC
72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375           ACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTATCTCCT
72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375          ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCC
72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375             ACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCT
72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375      ACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTATCCCCC

72326_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  84.40
 Mean single sequence MFE: -127.27
 Consensus MFE: -90.78
 Energy contribution: -93.26
 Covariance contribution:   2.48
 Mean z-score:  -1.57
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:  -0.03
 SVM RNA-class probability: 0.517748
 Prediction: RNA

######################################################################

>72326_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9695/1-375
GCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUAGCCGUCC
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>72326_SINFRUG00000141037_FUGU_322_692/1-375
AGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUAUCUCCU
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>72326_ENSMUSG00000043515_MOUSE_334_703/1-375
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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>72326_ENSG00000183868_HUMAN_308_678/1-375
CGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCU
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>72326_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_298_669/1-375
AGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUAUCCCCC
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>consensus
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGA_UGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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72326_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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