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Results for CNB 72301_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368          CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           -CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      -TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             -TTACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG


72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG
72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             CCAGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCG
72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            CCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG


72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT
72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             AGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            AGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT


72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT
72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             TGACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCT
72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            TCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTT


72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT
72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368             GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT

72301_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.15
 Mean single sequence MFE: -128.95
 Consensus MFE: -100.10
 Energy contribution: -102.30
 Covariance contribution:   2.20
 Mean z-score:  -1.68
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   0.31
 SVM RNA-class probability: 0.684662
 Prediction: RNA

######################################################################

>72301_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_691/1-368
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72301_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-368
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>72301_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-368
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>72301_ENSG00000124518_HUMAN_318_684/1-368
UUACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72301_ENSRNOG00000021192_RAT_336_703/1-368
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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72301_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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