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Results for CNB 72280_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381          CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             -TTACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           -CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG
72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      -TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG


72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             CCAACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCG
72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG
72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            CCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG


72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGT
72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT
72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            AGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT


72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             TCACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCT
72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT
72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            TCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTT
72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT


72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381             GCTTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT
72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT

72280_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  85.32
 Mean single sequence MFE: -125.77
 Consensus MFE: -93.79
 Energy contribution: -96.35
 Covariance contribution:   2.56
 Mean z-score:  -1.56
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:   0.01
 SVM RNA-class probability: 0.539707
 Prediction: RNA

######################################################################

>72280_ENSMUSG00000054813_MOUSE_324_703/1-381
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72280_ENSG00000183868_HUMAN_300_678/1-381
UUACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72280_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>72280_ENSRNOG00000021192_RAT_336_715/1-381
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72280_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_669/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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72280_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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