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Results for CNB 72277_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC
72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG


72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC
72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC


72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72277_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.14
 Mean single sequence MFE: -130.89
 Consensus MFE: -102.54
 Energy contribution: -104.74
 Covariance contribution:   2.20
 Mean z-score:  -1.55
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   0.14
 SVM RNA-class probability: 0.600879
 Prediction: RNA

######################################################################

>72277_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72277_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72277_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_703/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72277_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>72277_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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72277_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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