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Results for CNB 72240_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377      -GCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCCAGCTCCC
72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377      AGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377       AGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAGCTCCC
72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377         CGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAACTCCC


72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377      CGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377      CGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAGCGCTTGT
72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377       CCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCGCGCTTGT
72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377         CAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAGCGCTTGT


72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377      TGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377      TGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTCACGAACG
72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377       TGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTCACAAACG
72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377         TGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTCACAAACG


72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377      AGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTGCTTAAGC
72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377      AGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGCTTCAGC
72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377       AGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGCTTCAGC
72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377         AATTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGCTTCAGA


72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377      ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTAGCCGTCC
72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377      ACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCC
72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377       ACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTATCTCCT
72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377         ACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCT

72240_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.42
 Mean single sequence MFE: -130.90
 Consensus MFE: -100.76
 Energy contribution: -104.39
 Covariance contribution:   3.62
 Mean z-score:  -1.60
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   0.26
 SVM RNA-class probability: 0.661527
 Prediction: RNA

######################################################################

>72240_ENSRNOG00000027815_RAT_9324_9698/1-377
GCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUAGCCGUCC
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>72240_ENSMUSG00000049150_MOUSE_334_706/1-377
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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>72240_SINFRUG00000141037_FUGU_322_694/1-377
AGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUAUCUCCU
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>72240_ENSG00000183868_HUMAN_308_681/1-377
CGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCU
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>consensus
AGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGA_UGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCAGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUGCCGUCC
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72240_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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