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Results for CNB 72202_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386             -ACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC


72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386             AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386            AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386             CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG
72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386             ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386            ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386             TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72202_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.01
 Mean single sequence MFE: -130.57
 Consensus MFE: -99.78
 Energy contribution: -102.42
 Covariance contribution:   2.64
 Mean z-score:  -1.63
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   0.20
 SVM RNA-class probability: 0.631521
 Prediction: RNA

######################################################################

>72202_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_676/1-386
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>72202_SINFRUG00000141037_FUGU_315_698/1-386
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72202_ENSG00000184825_HUMAN_293_676/1-386
ACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCCGCGAUGCGUUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAUACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72202_ENSMUSG00000049150_MOUSE_328_711/1-386
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72202_ENSRNOG00000028264_RAT_327_710/1-386
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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72202_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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