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Results for CNB 72128_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382          -ACTTGTAGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCC
72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382          AGCTCCCCGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG


72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382          CGCTTGTTGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTC
72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382      ACAAATGAGTTCATAA-TGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTG
72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382          ACGAACGAGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTG
72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382           ACAAACGAGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382          ACGAACGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATACCGGTGTCGGGGTGCACTTG
72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382             ACGAAGGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG


72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382      TTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTT
72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382          CTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTA
72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382           CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382          CTTCAGCACCTTGTAGACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382             CTTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT

72128_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  85.61
 Mean single sequence MFE: -129.21
 Consensus MFE: -95.22
 Energy contribution: -97.70
 Covariance contribution:   2.48
 Mean z-score:  -1.58
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:   0.02
 SVM RNA-class probability: 0.543488
 Prediction: RNA

######################################################################

>72128_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUU
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>72128_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9694/1-382
ACUUGUAGCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUA
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>72128_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-382
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>72128_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUACCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUAGACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72128_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-382
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>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGA_UGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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72128_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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