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Results for CNB 72106_0
Input Alignment
CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment
72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378 AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG
72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378 CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378 ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378 TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72106_0.aln
RNAz output
############################ RNAz 0.1 ##############################
Sequences: 4
Columns: 300
Mean pairwise identity: 85.42
Mean single sequence MFE: -126.99
Consensus MFE: -102.32
Energy contribution: -106.07
Covariance contribution: 3.75
Mean z-score: -1.73
Structure conservation index: 0.81
SVM decision value: 0.52
SVM RNA-class probability: 0.768080
Prediction: RNA
######################################################################
>72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378
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>72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378
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>72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378
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>consensus
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72106_0.rnaz
RNAalifold consensus structure
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004
