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Results for CNB 72084_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380          CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGG
72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380      -TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380            CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG
72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380           -CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380             -TTACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG


72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCG
72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380            CCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG
72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380             CCAGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCG


72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380            AGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT
72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380             AGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT


72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380            TCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTT
72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT
72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380             TGACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCT


72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380            GCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT
72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380             GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT

72084_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.15
 Mean single sequence MFE: -129.07
 Consensus MFE: -98.60
 Energy contribution: -101.16
 Covariance contribution:   2.56
 Mean z-score:  -1.70
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   0.31
 SVM RNA-class probability: 0.683588
 Prediction: RNA

######################################################################

>72084_ENSMUSG00000054856_MOUSE_325_703/1-380
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72084_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_667/1-380
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>72084_ENSRNOG00000021192_RAT_336_714/1-380
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>72084_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-380
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>72084_ENSG00000124518_HUMAN_318_695/1-380
UUACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUUGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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72084_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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