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Results for CNB 72039_0
Input Alignment
CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment
72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378 AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378 CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378 ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC
72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378 TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378 TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378 TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378 TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72039_0.aln
RNAz output
############################ RNAz 0.1 ##############################
Sequences: 4
Columns: 300
Mean pairwise identity: 85.48
Mean single sequence MFE: -127.17
Consensus MFE: -104.05
Energy contribution: -106.92
Covariance contribution: 2.87
Mean z-score: -1.70
Structure conservation index: 0.82
SVM decision value: 0.48
SVM RNA-class probability: 0.754340
Prediction: RNA
######################################################################
>72039_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_703/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72039_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378
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>72039_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378
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>72039_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378
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>consensus
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72039_0.rnaz
RNAalifold consensus structure
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004
