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Results for CNB 71921_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367          -CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTG
71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367      -TTCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTG
71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367            -CTCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTG
71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367           CTCTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTG
71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367             -TTTACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTG


71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367          GCCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTC
71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367      GCCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTG
71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367            GCCAACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTC
71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367           GCCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTG
71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367             GCCAACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTC


71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367          GAGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCG
71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367      GAGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCG
71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367            GAGCGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCG
71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367           GCGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCG
71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367             GAGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCG


71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367          TTCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACT
71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367      TTTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACT
71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367            TTCACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACT
71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367           TTCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACC
71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367             TTGACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACC


71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367          TGCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTC
71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367      TGTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTC
71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367            TGCTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTC
71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367           TGCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTC
71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367             TGCTTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTC

71921_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  85.77
 Mean single sequence MFE: -128.17
 Consensus MFE: -96.34
 Energy contribution: -99.42
 Covariance contribution:   3.08
 Mean z-score:  -1.58
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:   0.05
 SVM RNA-class probability: 0.560909
 Prediction: RNA

######################################################################

>71921_ENSMUSG00000054925_MOUSE_342_706/1-367
CUCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUC
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>71921_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_654/1-367
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>71921_ENSRNOG00000021192_RAT_336_700/1-367
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>71921_SINFRUG00000141037_FUGU_312_677/1-367
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>71921_ENSG00000184825_HUMAN_290_654/1-367
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>consensus
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71921_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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