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Results for CNB 71915_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTAGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC


71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG
71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG
71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC


71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71915_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.44
 Mean single sequence MFE: -128.85
 Consensus MFE: -98.14
 Energy contribution: -100.34
 Covariance contribution:   2.20
 Mean z-score:  -1.50
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:  -0.04
 SVM RNA-class probability: 0.512643
 Prediction: RNA

######################################################################

>71915_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>71915_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>71915_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379
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>71915_ENSMUSG00000049245_MOUSE_299_675/1-379
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>71915_ENSRNOG00000021192_RAT_339_715/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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71915_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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