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Results for CNB 71775_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      -ACTTGTAGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCC
71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       -ACTTGGAGCTGGTGTGCTTGGTTACGGCTTTGGTGCTCTCGGACACAGCATGCGTGAC-
71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      AGCTCCCCGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       ------------------AGGCGAACAGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAA
71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG


71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      CGCTTGTTGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTC
71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       CGCTTGTTGTAACGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCCCGCAATACGCTCGAAGATGGCATA-
71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC


71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      ACGAACGAGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTG
71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346      ACGAACGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       ACGAAGGTGTTCAAGA-TCCCCATTGCTTTGGACGAGATGCCGGTGTTGG--TGGACCTG
71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       ACAAACGAGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG


71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      CTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTA
71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       CTTCAGCACCTTGTACAAGTACACGGAGCAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTTCGCTTCTT
71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT

71775_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  81.33
 Mean single sequence MFE: -126.10
 Consensus MFE: -89.09
 Energy contribution: -95.90
 Covariance contribution:   6.81
 Mean z-score:  -1.51
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:  -0.05
 SVM RNA-class probability: 0.509731
 Prediction: RNA

######################################################################

>71775_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346
ACUUGUAGCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUA
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>71775_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_688/1-346
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>71775_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346
ACUUGGAGCUGGUGUGCUUGGUUACGGCUUUGGUGCUCUCGGACACAGCAUGCGUGACAGGCGAACAGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAACGCUUGUUGUAACGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCCCGCAAUACGCUCGAAGAUGGCAUAACGAAGGUGUUCAAGAUCCCCAUUGCUUUGGACGAGAUGCCGGUGUUGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACAAGUACACGGAGCAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUUCGCUUCUU
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>71775_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>consensus
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71775_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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