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Results for CNB 71711_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC


71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG
71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382            AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG
71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382            ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71711_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.31
 Mean single sequence MFE: -131.19
 Consensus MFE: -102.62
 Energy contribution: -104.18
 Covariance contribution:   1.56
 Mean z-score:  -1.53
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   0.10
 SVM RNA-class probability: 0.585254
 Prediction: RNA

######################################################################

>71711_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-382
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>71711_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_672/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>71711_ENSG00000184260_HUMAN_289_667/1-382
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>71711_ENSMUSG00000049211_MOUSE_309_687/1-382
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>71711_ENSRNOG00000028264_RAT_327_706/1-382
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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71711_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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