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Results for CNB 71700_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384      -ACTTGTAGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCC
71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384         -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384      AGCTCCCCGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384         AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG


71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384      CGCTTGTTGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTC
71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384         CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384       ACAAACGAGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384      ACGAACGAGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTG
71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384      ACGAACGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384         ACGAAGGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG


71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384      CTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTA
71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384         CTTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT

71700_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.57
 Mean single sequence MFE: -133.60
 Consensus MFE: -105.18
 Energy contribution: -108.67
 Covariance contribution:   3.50
 Mean z-score:  -1.68
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.41
 SVM RNA-class probability: 0.725704
 Prediction: RNA

######################################################################

>71700_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-384
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>71700_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9698/1-384
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>71700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_327_706/1-384
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>71700_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-384
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>consensus
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71700_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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