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Results for CNB 71615_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381         -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381         AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG


71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381         CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381         ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC


71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        TTCAGTACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381         TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71615_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  89.71
 Mean single sequence MFE: -134.75
 Consensus MFE: -112.34
 Energy contribution: -114.52
 Covariance contribution:   2.19
 Mean z-score:  -1.54
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   0.27
 SVM RNA-class probability: 0.666598
 Prediction: RNA

######################################################################

>71615_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_723/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71615_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
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>71615_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381
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>71615_ENSG00000184260_HUMAN_289_668/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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71615_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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