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Results for CNB 71547_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367      TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGC
71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        -TACTTGGCGCTTGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCCGACACAGCGTGCTTAGC
71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGC
71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         TTACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGC


71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367      CAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGA
71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CAGTTCTCCGGGCAGTAGGAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGCGATGTGATTGTAGA
71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGC
71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         CAGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGA


71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367      GCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT
71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGAGAAGCCTCGTTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCATT
71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       GCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTT
71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         GCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT


71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367      CACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        GACAAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACCTG
71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         GACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG


71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367        CTTCAGCACCTTGTACACATAGATGGAGTAGCTCTCCTTGCGACTGCGCTTGCGCTTCTT
71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367         CTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT

71547_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.22
 Mean single sequence MFE: -128.98
 Consensus MFE: -100.47
 Energy contribution: -104.85
 Covariance contribution:   4.38
 Mean z-score:  -1.43
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   0.04
 SVM RNA-class probability: 0.552108
 Prediction: RNA

######################################################################

>71547_ENSMUSG00000054856_MOUSE_326_692/1-367
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>71547_ENSRNOG00000022148_RAT_303_668/1-367
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>71547_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367
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>71547_ENSG00000124518_HUMAN_318_683/1-367
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>consensus
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71547_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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