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Results for CNB 71530_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC
71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             AGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGGAG
71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG


71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG
71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC


71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             ACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC
71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATACCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC


71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379             TTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379          TTCAGCACCTTGTAGACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA

71530_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.97
 Mean single sequence MFE: -130.87
 Consensus MFE: -101.36
 Energy contribution: -103.88
 Covariance contribution:   2.52
 Mean z-score:  -1.52
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   0.06
 SVM RNA-class probability: 0.562423
 Prediction: RNA

######################################################################

>71530_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_669/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
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>71530_ENSG00000184260_HUMAN_289_665/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71530_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71530_ENSMUSG00000049529_MOUSE_321_697/1-379
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUACCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUAGACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71530_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-379
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>consensus
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71530_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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