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Results for CNB 71528_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381      CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC


71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         AACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381        AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTC
71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         ACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGC
71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381        TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71528_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.67
 Mean single sequence MFE: -131.65
 Consensus MFE: -107.90
 Energy contribution: -112.78
 Covariance contribution:   4.88
 Mean z-score:  -1.55
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   0.28
 SVM RNA-class probability: 0.667722
 Prediction: RNA

######################################################################

>71528_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_706/1-381
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71528_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>71528_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381
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>71528_ENSRNOG00000028264_RAT_327_705/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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71528_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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