Index >

Results for CNB 71507_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC


71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         AACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTC
71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCTAGACGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         ACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGC
71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71507_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.38
 Mean single sequence MFE: -129.70
 Consensus MFE: -107.54
 Energy contribution: -111.35
 Covariance contribution:   3.81
 Mean z-score:  -1.44
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   0.10
 SVM RNA-class probability: 0.584404
 Prediction: RNA

######################################################################

>71507_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381
UACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
......((.(((((((((((((.((.((((..(((((((........)).))))).))))...)).)))))..(((((((((((.((((((((...(((((....))))))))))))).)))))))))))..))))))))))(((((((.......((((.((((.........((((((((....)...(((((.....)))))...)))))))...((((((((((((((.((......))...)))))).))))......(((.......)))...)))).))))))))))))))). ( -122.71)
>71507_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((...)).)))....(((((.(((.((.........))))))))))..))))((((((((......)))))))))))))))..((((((..(((.(((.((((((((...(((((....)))))))))..)).)).))).))).))))))......))))))))))).))))).)))...).)))..))))))......(((((((..(........)...))))))))))))... ( -125.80)
>71507_ENSMUSG00000054925_MOUSE_345_724/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((..((((((..((((.(((....(((((.((((((((((((((.(((..((((..((..((((((((((((((((.((((((((((..((....))..)).)))))))).)))))))))))....(((..((((((....)))))).)))(((.(((((......(((....))).))))).)))..)))))..))..))))..)))))).))))))))))).))))).....)))))))..))))))(((......((((((........))))))...))))))))... ( -141.00)
>71507_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCUAGACGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((..((((((..((((...((...(((((.(((((((((.((((.((((((((((..(.(((((.(((((((((((.((((((((((..((....))..)).)))))))).)))))))))))..((((.....)))).......))))).)..))(((((..((..(((((....)))))..)).))).))...)))))....)))..))))..))))))))).))))).)).....))))..))))))(((......((((((........))))))...))))))))... ( -129.30)
>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGAAGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCAGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
.....(((((..((((((..((((...((...(((((.((((((((((((((((((((........)))))).(((((((((((.((((((((...(((((....))))))))))))).)))))))))))...))))).((((.....((((....((.(((.(((((..(((.(((((....))))))))..))).)).))).))....))))...)))).))))))))).))))).)).....))))..)))))).........((((((........))))))......)))))... (-107.54 = -111.35 +   3.81) 

71507_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF