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Results for CNB 71443_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG
71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         AACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG


71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCTAGACGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTC


71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC
71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         ACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGC


71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71443_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.49
 Mean single sequence MFE: -129.93
 Consensus MFE: -110.41
 Energy contribution: -113.97
 Covariance contribution:   3.56
 Mean z-score:  -1.46
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   0.17
 SVM RNA-class probability: 0.617267
 Prediction: RNA

######################################################################

>71443_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>71443_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_706/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>71443_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381
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>71443_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381
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>consensus
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71443_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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