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Results for CNB 71399_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348      CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348      -ACTTGTAGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCC
71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348         TACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC


71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348      AGCTCCCCGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348         AGCTCCCCCGGAAGCAGCAGGCGCACGGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG


71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348      CGCTTGTTGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTC
71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348         CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTTGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTG


71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348       ACAAACGAGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348      ACGAACGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348      ACGAACGAGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTG
71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348         ACGAAGGAGTTCATGA-TTCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG


71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348      CTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTA
71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348         CTTCAGCACCTTGTACACGTACACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT

71399_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.15
 Mean single sequence MFE: -133.35
 Consensus MFE: -108.43
 Energy contribution: -111.55
 Covariance contribution:   3.12
 Mean z-score:  -1.74
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:   0.56
 SVM RNA-class probability: 0.783614
 Prediction: RNA

######################################################################

>71399_SINFRUG00000141037_FUGU_315_661/1-348
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>71399_ENSMUSG00000049150_MOUSE_327_673/1-348
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>71399_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9661/1-348
ACUUGUAGCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUA
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>71399_ENSG00000124518_HUMAN_319_665/1-348
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>consensus
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71399_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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