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Results for CNB 71269_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC
71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       -ACTTGGAGCTGGTGTGCTTGGTTACGGCTTTGGTGCTCTCGGACACAGCATGCGTGAC-
71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      -ACTTGTAGCTGGTCTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCCTGCTTGGCC


71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG
71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       ------------------AGGCGAACAGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAA
71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      AGCTCCCCGAGTAGTAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       CGCTTGTTGTAACGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCCCGCAATACGCTCGAAGATGGCATA-
71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      CGCTTGTTGTAATGAGGCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATG-GCTCGAAGATGTCGTTC


71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346      ACGAACGAGTTCATGA-TGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       ACAAACGAGTTCATGA-TGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG
71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       ACGAAGGTGTTCAAGA-TCCCCATTGCTTTGGACGAGATGCCGGTGTTGG--TGGACCTG
71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      ACGAACGAGTTCATAAATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCAGTGTCCGGGTGCACTTG


71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346      CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346       CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT
71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346       CTTCAGCACCTTGTACAAGTACACGGAGCAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTTCGCTTCTT
71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346      CTTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGGGGCTGCGCTTGCGCTTCTA

71269_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  81.33
 Mean single sequence MFE: -126.32
 Consensus MFE: -89.97
 Energy contribution: -96.47
 Covariance contribution:   6.50
 Mean z-score:  -1.52
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:  -0.00
 SVM RNA-class probability: 0.531186
 Prediction: RNA

######################################################################

>71269_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_671/1-346
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>71269_SINFRUG00000141037_FUGU_315_659/1-346
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>71269_ENSG00000137173_HUMAN_8709_9014/1-346
ACUUGGAGCUGGUGUGCUUGGUUACGGCUUUGGUGCUCUCGGACACAGCAUGCGUGACAGGCGAACAGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAACGCUUGUUGUAACGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCCCGCAAUACGCUCGAAGAUGGCAUAACGAAGGUGUUCAAGAUCCCCAUUGCUUUGGACGAGAUGCCGGUGUUGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACAAGUACACGGAGCAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUUCGCUUCUU
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>71269_ENSRNOG00000027815_RAT_9317_9659/1-346
ACUUGUAGCUGGUCUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCCUGCUUGGCCAGCUCCCCGAGUAGUAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGGCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUAAAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGGGGCUGCGCUUGCGCUUCUA
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>consensus
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71269_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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