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Results for CNB 71177_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG
71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      TTCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGG
71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381          -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGG
71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381            -TCACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGG
71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CT-ATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGG


71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             CCAGCTCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCGCGGGATGTGATGGTGG
71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      CCAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGG
71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381          CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381            CCAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCG
71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CCAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGG


71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             AGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGGGAAGCCTCTCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381          AGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381            AGCGCTTGTTGTAATGCGCTAGACGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGT
71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           CGCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGT


71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             TGACGAAGGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCT
71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      TTACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTT
71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381          TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTT
71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381            TCACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTT
71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           TCACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCT


71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381             GCTTCAGCACCTTGTACACGTAGATGGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381      GTTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCT
71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381          GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381            GCTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCT
71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381           GCTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCT

71177_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  87.05
 Mean single sequence MFE: -129.57
 Consensus MFE: -102.36
 Energy contribution: -104.16
 Covariance contribution:   1.80
 Mean z-score:  -1.45
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:  -0.03
 SVM RNA-class probability: 0.517242
 Prediction: RNA

######################################################################

>71177_ENSG00000184260_HUMAN_287_665/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCGCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCGCGGGAUGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCUCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAGAUGGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>71177_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_289_669/1-381
UUCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCU
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>71177_ENSMUSG00000054925_MOUSE_343_721/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>71177_ENSRNOG00000027856_RAT_334_712/1-381
UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCUAGACGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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>71177_SINFRUG00000141037_FUGU_314_691/1-381
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCU
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>consensus
_UCACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCU
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71177_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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