Index >

Results for CNB 71132_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381      -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC


71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         AACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCTAGACGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTC
71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC
71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         ACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGC
71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC


71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381        TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381         TTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

71132_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.55
 Mean single sequence MFE: -130.10
 Consensus MFE: -108.24
 Energy contribution: -112.30
 Covariance contribution:   4.06
 Mean z-score:  -1.42
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   0.07
 SVM RNA-class probability: 0.571072
 Prediction: RNA

######################################################################

>71132_ENSRNOG00000027856_RAT_336_715/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCUAGACGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((..((((((..((((...((...(((((.(((((((((.((((.((((((((((..(.(((((.(((((((((((.((((((((((..((....))..)).)))))))).)))))))))))..((((.....)))).......))))).)..))(((((..((..(((((....)))))..)).))).))...)))))....)))..))))..))))))))).))))).)).....))))..))))))(((......((((((........))))))...))))))))... ( -129.30)
>71132_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((...)).)))....(((((.(((.((.........))))))))))..))))((((((((......)))))))))))))))..((((((..(((.(((.((((((((...(((((....)))))))))..)).)).))).))).))))))......))))))))))).))))).)))...).)))..))))))......(((((((..(........)...))))))))))))... ( -125.80)
>71132_ENSG00000183868_HUMAN_301_681/1-381
UACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
......((.(((((((((((((.((.((((..(((((((........)).))))).))))...)).)))))..(((((((((((.((((((((...(((((....))))))))))))).)))))))))))..))))))))))(((((((.......((((.((((.........((((((((....)...(((((.....)))))...)))))))...((((((((((((((.((......))...)))))).))))......(((.......)))...)))).))))))))))))))). ( -122.71)
>71132_ENSMUSG00000043515_MOUSE_328_706/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((((((((((.(((((.(((....((...)).))).))))).))))...))))))))).((((.(((.(((((((((..(((((..(((((((((((((((..((..((((((((..(((((...(((..(((((...))))))))..)))))))))))))..))..))))).))..((((..((((.....))))..))))..)))))(((((((((((..(((((..(((....)))...))))).)).)))))).)))....)))..))))))))))))))))).)))) ( -142.60)
>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCAGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((((........)))))).(((((((((((.((((((((...(((((....))))))))))))).)))))))))))...))))).((((.....((((....((.(((.(((((..(((.(((((....))))))))..))).)).))).))....))))...)))).))))))))).))))).)))....))))..)))))).........((((((........))))))......)))))... (-108.24 = -112.30 +   4.06) 

71132_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF